Le chemin de fer au Costa Rica a débuté au début du 19 ème siècle. C’est en grande partie grâce à l’entrepreneur Henry Meigs qui a signé un contrat avec le gouvernement du Costa Rica.

Ils décidèrent de relier la capital San José jusqu’à Puntarenas et ensuite la ville Limon,  sur une distance totale de 166 kilomètres. Le but premier était de faciliter les exportations de café. En 1877, quand Henry Meigs meurt, c’est son fils qui reprend le projet jusqu’à sa fin en 1890 (ligne San José – Limon).

Le Costa Rica traversant une période difficile, elle indemnisa l’entrepreneur en lui offrant 323.748 hectares de terre net d’impôts.

Son fils Minor Keith deviendra grâce à ce don un des plus gros exportateurs de bananes aux mondes. Il représente aujourd'hui l’entreprise Chiquita que l’on retrouve dans tous les supermarchés.

La première locomotive à vapeur arriva le 9 février 1872 dans la petite ville d'Alajuela (Proche de la capitale actuelle), après 3 mois de voyage depuis Puntarenas (elle fut tirée par 20 chars à bœufs).

Les wagons arrivèrent 3 mois après. En 1932, le Costa Rica inaugure sa première ligne électrique vers le pacifique.

En 1910, la ligne transcontinental (Puntarenas-Limon) devient pleinement opérationnelle.

En 1972, l’état Costaricien devient propriétaire de la ligne atlantique et fusionne avec la pacifique pour donner le nom FECOSA.

En 1995, la ligne pacifique est arrêtée à cause de son coût trop important, et jusqu’à aujourd’hui il ne reste plus que la ligne reliant San José-Heredia.

Pendant la construction de la ligne plus de 4000 travailleurs Jamaïquains et Chinois ont travaillé, avec des contrats pouvant atteindre 8 ans, 3 jours de vacances dans l’année et 12 heures de travail par jour pour un salaire de 60 pesos par mois, soit 1/8 de ce que percevait un agriculteur.

Aujourd'hui, la ligne a agrandi son réseau, c'est un très petit parcours, mais qui a tout son intérêt. Elle relie San José à Cartago (Berceau du Costa Rica). Ligne très fréquentée par les Costariciens, elle est naturellement ouverte aux touristes, dépaysement garantie...